Informática
de Alto Rendimiento
Resumen
La informática de alto rendimiento generalmente se refiere a la práctica de agregar potencia de cómputo para ofrecer un rendimiento mucho más alto que el que se puede obtener de una típica computadora de escritorio para resolver grandes problemas en ciencia e ingeniería.
Servidor Plato
En STRI utilizamos el servidor de alto rendimiento Plato, que se ejecuta en una computadora Dell PowerEdge R630. El sistema proporciona a la comunidad de investigación bioinformática de STRI herramientas para analizar gran cantidad de datos.
El sistema es capaz de ejecutar programas de análisis bioinformático que requieren una gran cantidad de procesadores y una gran cantidad de espacio en el disco.
El servidor tiene paquetes de software comúnmente usados en investigación científica, incluyendo R, Java, Python (SyPy, MatPlotLib, etc.) y Bioinformatics Piplines (Stacks, Trinity, Qiime, etc.).
Proyectos de STRI en Plato:
- Filogenia del dólar de arena
- Genética poblacional de los cangrejos
- Filogenias de las ofiuras
- Metagenómica: microbioma del jardín de hongos de las hormigas cortadoras de hojas y plantas asociadas
- Análisis de Secuenciación de ADN asociado a sitio de restricción (RAD-seq)
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